Va néixer a Santanyí el 1926, en una família de pagesos. Va estudiar Humanitats al Seminari Diocesà de Mallorca, on va cursar fins a tercer i assolí una sòlida cultura clàssica, però una greu tuberculosi l'obligà a abandonar els estudis. El 1947, l'agreujament d'aquesta malaltia va fer necessari el seu ingrés al sanatori de Caubet, a Bunyola (on va començar a projectar El mar, la seva primera novel·la). Posteriorment, es va traslladar a Barcelona i, gràcies a l'ajuda de Carles Riba, va ingressar al sanatori del Montseny. Vençuda la malaltia, va residir alguns anys a Barcelona, on freqüentà intel·lectuals com Carles Riba, Salvador Espriu i Pere Quart. El 1964 tornà a Mallorca, on es dedicà professionalment a la literatura i al periodisme, amb col·laboracions a diversos diaris i revistes, com Última Hora.

El 1950 inicia la seva activitat pública com a poeta amb Quatre poemes de Setmana Santa, al qual seguiria dos anys més tard Entre el coral i l'espiga. Aquest mateix any guanya el Premi Óssa Menor amb el seu Cant espiritual. Els poemes d'aquests tres llibres, que formen un cicle unitari, foren recollits a El Color (1986).

El 1990 li fou concedida la Creu de Sant Jordi, i va passar els darrers anys de la seva vida al seu poble natal, on va morir el desembre de 1997.

La seva poesia significa la superació dels esquemes de l'Escola Mallorquina: la pulcritud del vers, característica pròpia d'aquella Escola, ha estat substituïda per l'expressivitat de la imatge, i el llenguatge gramaticalment puríssim ha fet lloc a un idioma més aviat impur i vacil·lant. Els temes seran durs i punyents. Progressivament, la seva poesia evoluciona cap fórmules més discursives, amb què cerca una nova expressió.

Es donà a conèixer com a poeta amb Quatre poemes de Setmana Santa (1950), recull al qual seguiren Entre el coral i l'espiga (1952), Cant Espiritual (1953), Comèdia (1960), L'Evangeli segons un de tants (1967), Els fets (1974), Has vist algun cop, Jordi Bonet, Ca N'Amat a l'ombra? (1976), Cant de l'Arc (1979), El Poder i la Verdor (1981), Teatre del Gran Verd (1983), El Jove (1988) i Nova York (1991). Pòstumament, varen aparèixer els seus Sonets (2000).

La seva producció narrativa s'inicià el 1958 amb El mar, Premi Joanot Martorell, en què retrata el món cruel de la postguerra a partir de les vivències d'uns joves internats en un sanatori per a tuberculosos. També va publicar Haceldama (1959), Judas i la Primavera (1963), Míster Evasió (1969) i Si jo fos fuster i tu et diguessis Maria (1974). En les seves novel·les, Bonet analitza personatges que han viscut el mal, en un intent d'analitzar la natura humana des d'una peculiar perspectiva cristiana.

Finalment, cal destacar els diversos volums de diaris escrits per Bonet: Els ulls (1973), La mirada (1975), La motivació i el film (1990) i Pere Pau (1992).